Članak 25. Zakona o postupanju s nezakonito izgrađenim zgradama (Narodne novine, broj 86/12 i 143/13) propisuje da su podnositelj zahtjeva za legalizaciju, odnosno vlasnici zgrade dužni prije donošenja rješenja o izvedenom stanju platiti naknadu za zadržavanje nezakonito izgrađene zgrade u prostoru (u nastavku: naknada), odnosno prvi obrok naknade u slučaju obročne otplate. Podnositelj zahtjeva, odnosno vlasnici zgrade, naknadu plaćaju razmjerno veličini njihova posebnog dijela zgrade, odnosno funkcionalne jedinice koju koriste, osim vlasnika posebnog dijela zgrade koji se nalazi u dijelu zgrade koji nije bio predmet ozakonjenja.
Nadležnost za donošenje rješenja o naknadi utvrđuje se rješenjem o naknadi koje po službenoj dužnosti donosi upravno tijelo jedinice lokalne samouprave nadležno za poslove komunalnog gospodarstva na čijem se području nalazi zgrada za koju se donosi rješenje o izvedenom stanju (u nastavku: upravno tijelo jedinice lokalne samouprave).
Nadalje je člankom 26. Zakona propisano da o žalbi izjavljenoj protiv rješenja o naknadi odlučuje upravno tijelo jedinice područne (regionalne) samouprave, odnosno središnje tijelo državne uprave nadležno za poslove graditeljstva i prostornog uređenja ako je žalba izjavljena protiv rješenja Grada Zagreba.
Vezano uz ovu odredbu javila se dvojba o tome tko je nadležan za rješavanje žalbi u tom slučaju – je li to upravno tijelo jedinice područne (regionalne) samouprave nadležno za poslove komunalnog gospodarstva ili upravno tijelo jedinice područne (regionalne) samouprave nadležno za poslove graditeljstva i prostornog uređenja?
Odgovor na to pitanje dalo je mišljenje Ministarstva graditeljstva i prostornoga uređenja, Klasa: 360-01/13-02/55, Urbroj: 531-01-13-2 od 13. veljača 2013.:
“Povodom pitanja koje je upravno tijelo jedince područne (regionalne) samouprave nadležno za odlučivanje o žalbi izjavljenoj protiv rješenja o visini naknade za zadržavanje nezakonito izgrađene zgrade u prostoru koje rješenje po službenoj dužnosti donosi upravno tijelo jedinice lokalne samouprave nadležno za poslove komunalnog gospodarstva na čijem se području nalazi nezakonito izgrađena zgrada, o navedenoj žalbi odlučuje upravno tijelo jedince područne (regionalne) samouprave nadležno za poslove komunalnog gospodarstva.
Naime, odredbu članka 26. Zakona o postupanju s nezakonito izgrađenim zgradama (Narodne novine, br. 86/12), prema kojoj o žalbi izjavljenoj protiv rješenja o naknadi odlučuje upravno tijelo jedinice područne (regionalne) samouprave, odnosno središnje tijelo državne uprave nadležno za poslove graditeljstva i prostornog uređenja ako je žalba izjavljena protiv rješenja Grada Zagreba, treba tumačiti na način da se uzme u obzir i odredba članka 40. stavka 2. navedenog Zakona, prema kojoj je središnje tijelo državne uprave nadležno za poslove graditeljstva i prostornoga uređenja dužno upravnim tijelima jedinica područne (regionalne) samouprave nadležnim za poslove komunalnog gospodarstva u drugom stupnju u roku od 15 dana od dana stupanja na snagu toga Zakona predati spise predmeta u kojima se odlučuje o žalbama protiv rješenja o naknadi.”